中国菌物学会的前身是1980年成立的中国植物学会真菌学会。后由俞大绂、汤佩松、方心芳、裘维蕃、王伏雄、吴征镒、阎逊初、郑国倡等8位生物学院士推荐发起，1992年经国家科委和中国科协批准，1993年5月成立，2000年10月被批准加入中国科协。在2012年度中国社会组织评估中，被评为AAA级单位。

中国菌物学会是从事菌物学科研、教学及生产的科技工作者和单位自愿组成的全国学术性团体组织，目前有近4000名会员。学会通过搭建学术交流平台，积极培养、举荐优秀菌物科技人才;推进科学普及，提高全民科学素养;服务产业经济，促进科研、教学与生产的紧密结合，繁荣我国菌物学事业，推动菌物学科发展。学会主办刊物有《Mycology – an international journal on fungal biology》、《菌物学报》和《菌物研究》。

中国菌物学会菌文化产业分会是中国菌物学会的分支机构，成立于2019年4月21日。由中国菌物学会副理事长戴玉成、浙江省华丹农业微生物资源应用研究院院长韩省华，上海大山合集团有限公司董事长毛传福，江苏安惠生物科技有限公司董事长陈惠，易菇网总裁赵雄等菌物领域专家、学者、企业家组成。